Honduras là một phần của Mesoamerica, dải đất kéo dài từ Mexico đến Costa Rica. Vùng này được coi là một khu vực đa dạng sinh thái vì sở hữu nhiều loài động thực vật. Giống như các nước khác trong vùng, Honduras có những nguồn tài nguyên sinh vật phong phú. Đất nước rộng 112.092 km² (43.278 dặm vuông) này có hơn 6.000 loài cây có mạch, trong số đó 630 Phong lan; khoảng 250 giống bò sát và lưỡng cư cũng như hơn 700 loài chim, và 110 loài thú có vú, một nửa trong số chúng là dơi.

Phía đông bắc vùng La Mosquitia là Khu dữ trữ sinh quyển Río Plátano, một khu rừng nhiệt đới đất thấp là nơi sinh sống của rất nhiều loài sinh vật. Thỉnh thoảng được gọi là "Lá phổi cuối cùng của Trung Mỹ", khu dự trữ này đã được liệt vào danh sách Di sản thế giới của UNESCO năm 1982.

Bên cạnh những cánh rừng mưa tươi tốt, những khu rừng mây (có thể lên tới độ cao gần ba nghìn mét trên mực nước biển), đước, savannas và các dãy núi với những cây thông và cây sồi, Honduras cũng là nơi có một hệ sinh thái vô giá khác: Mesoamerican Barrier Reef System. Tại Bay Islands không hiếm gặp loài cá heo mũi to, cá đuối, cá vẹt, những tập đoàn tảo bẹ xanh và thậm chí cả những chú cá mập trắng khổng lồ. Những bãi cát trắng, những cây dừa cao vút và không khí vui vẻ miền caribbean là nơi nghỉ ngơi lý tưởng cho những thành phố Trung Mỹ đông đúc.